Tomáš Halík získal řadu prestižních domácích i mezinárodních cen za zásluhy o mezináboženský a mezikulturní dialog, za svou vědeckou, pedagogickou a publikační aktivitu, za zásluhy o obhajobu duchovní svobody a lidských práv a ceny za literaturu.
- 1997 – Cena Masarykovy akademie za tvůrčí činnost (Praha)
- 2002 – The Andrew Elias Human Tolerance Award za vynikající zásluhy v šíření hodnot tolerance a duchovní a intelektuální svobody (USA)
- 2003 – Cena kardinála Königa za zásluhy o obhajobu lidských práv a duchovní svobody (Rakousko, laudator: Václav Havel)
- 2006 – Cena za literaturu Českého literárního fondu za knihu Noc zpovědníka (Praha)
- 2007 – Cena Fenix Svazu polských knihkupců za ...
