Tomáš Halík získal řadu prestižních domácích i mezinárodních cen za zásluhy o mezináboženský a mezikulturní dialog, za svou vědeckou, pedagogickou a publikační aktivitu, za zásluhy o obhajobu duchovní svobody a lidských práv a ceny za literaturu.
- 1997 – Cena Masarykovy akademie za tvůrčí činnost (Praha)
- 2002 – The Andrew Elias Human Tolerance Award za vynikající zásluhy v šíření hodnot tolerance a duchovní a intelektuální svobody (USA)
- 2003 – Cena kardinála Königa za zásluhy o obhajobu lidských práv a duchovní svobody (Rakousko, laudator: Václav Havel)
- 2006 – Cena za literaturu Českého literárního fondu za knihu Noc zpovědníka (Praha)
- 2007 – Cena Fenix Svazu polských knihkupců za nejlepší knihu zahraničního autora za knihu Vzýván i nevzýván (Polsko)
- 2007 – Cena české společnosti pro vědy a umění za literární, vědeckou a pedagogickou aktivitu
- 2008 – titul monsignore, čestný prelát Jeho svatosti, udělen papežem Benediktem XVI.
- 2009 – Cena Pravda a právo za zásluhy o lidská práva (Praha)
- 2010 – Cena Romano Guardiniho za vynikající zásluhy o interpretaci současné doby a společnosti (Německo, laudator: ministr Karel Schwarzenberg a cardinal R. Marx, mnichovský arcibiskup)
- 2010 – Zlatá medaile sv. Vojtěcha arcibiskupství pražského za mimořádně účinné přiblížení obrazu církve a evangelia spoluobčanům (Praha, laudator: Kardinál Dominik Duka)
- 2010 – Medaile za mimořádné zásluhy za mezináboženský a mezikulturní dialog (Islámská společnost Mosaika-Platform, Praha)
- 2011 – Čestný titul “Muž smíření roku 2010” za vynikající zásluhy o dialog mezi křesťany a Židy (Rada křesťanů a Židů, Polsko)
- 2011 – Cena za nejlepší teologickou knihu Evropy v letech 2009 a 2010, za knihu Vzdáleným nablízku
- 2012 – Rytířský kříž Řádu za zásluhy Polské republiky, udělený prezidentem Polské republiky Komorowskim
- 2014 – Templeton Prize for Progress Toward Research or Discoveries about Spiritual Realities
- 2014 – Čestný doktorát teologie univerzity v Erfurtu
- 2016 – Čestný doktorát Oxfordské university
- 2016 – Pontifici - Klub katolické inteligence ve Varšavě
- 2017 – Per artem ad Deum (Uměním k Bohu) - cena Papežské rady pro kulturu
- 2017 – Kniha I Want You To Be (Chci, abys byl) - zlatá medaile a titul americké Knihy roku v oboru filozofie (ALA - Asociace amerických knihoven)
- 2017 – Kniha I Want You To Be (Chci, abys byl) - první místo v oboru teologie (CPA - Asociace katolického tisku USA a Kanady)
- 2018 – Zlatá medaile Univerzity Karlovy (foto)
- 2019 – Osvědčení účastníka odboje a odporu proti komunistickému režimu
- 2019 – Verdienstorden der Bundesrepublik Deutschland
- 2019 – Medaile sv. Jiří ("za boj se zlem a vytrvalé konání dobra" - Krakov, 23.11.2019)
- 2020 – Comeniusprijs (předání odloženo)
- 2020 – Kniha From the Underground Church to Freedom - zlatá medaile a titul americké Knihy roku v oboru náboženství
- 2021 – Cena Prahy 1
- 2021 – Čestným profesorem IIH
- 2021 – In Veritate
- 2021 – Cena Józefa Tischnera
- 2022 – Comeniusprijs 2020 - odložené slavnostní předání ceny
- 2023 – Jmenován čestným profesorem LSRS
- 2023 – Stříbrná medaile předsedy Senátu
- 2023 – Řád T. G. Masaryka
